Istituito nel 2001, il Fondo di cooperazione della CEI cofinanzia attività volte a rafforzare la cooperazione tra gli Stati membri della CEI e ad attuare gli obiettivi strategici (promuovere l'integrazione europea e lo sviluppo sostenibile) e i principali obiettivi stabiliti dalle Linee guida, dal Regolamento e dal Piano d'azione della CEI.
In particolare, le proposte dovranno prevedere attività come trasferimento di conoscenze, condivisione di know-how e attività di capacity building.