EU-Rail mira a realizzare una rete ferroviaria europea integrata ad alta capacità, eliminando gli ostacoli all'interoperabilità e fornendo soluzioni per una piena integrazione, che copra la gestione del traffico, i veicoli, le infrastrutture e i servizi, con l'obiettivo di accelerare l'adozione e la diffusione di progetti e innovazioni. Il progetto dovrebbe sfruttare l'enorme potenziale della digitalizzazione e dell'automazione per ridurre i costi della ferrovia, aumentarne la capacità e migliorarne la flessibilità e l'affidabilità, e dovrebbe basarsi su una solida architettura di sistema funzionale di riferimento condivisa dal settore, in coordinamento con l'Agenzia dell'Unione Europea per le Ferrovie.
Gli obiettivi di EU-Rail sono stati fissati per rispondere agli obiettivi politici dell'UE, alla visione del settore ferroviario e alle sfide inerenti alla trasformazione del sistema ferroviario:
Il bando è strutturato intorno a un tema nell'ambito della Destinazione 1, che genererà un primo progetto congiunto gestito insieme all'impresa comune SESAR 3 e al suo programma, nonché a 6 temi nell'ambito della Destinazione 8: